Xuất phát từ nhu cầu về nguồn nhân lực y tế tại Thanh Hóa và các tỉnh lân cận, ngày 31-10-2014, Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đã ký quyết định thành lập Phân hiệu Trường Đại học (ĐH) Y Hà Nội tại Thanh Hóa (gọi tắt là Phân hiệu). Phân hiệu được hình thành nhằm từng bước xây dựng để phát triển thành Trường ĐH Y Thanh Hóa. Khi đi vào hoạt động, việc thi tuyển và điểm chuẩn đầu vào, đầu ra cho bác sĩ đào tạo ở Phân hiệu cũng tương tự với cơ sở chính của Trường ĐH Y Hà Nội tại Hà Nội.
Sở Y tế gặp mặt các bác sĩ nội trú về công tác tại Phân hiệu Trường Đại học Y Hà Nội tại Thanh Hóa.
Phân hiệu chính thức đào tạo chính quy từ năm 2016, đến nay đã tuyển sinh, đào tạo được trên 800 sinh viên, học viên bác sĩ đa khoa hệ chính quy, hệ cử nhân điều dưỡng, hệ đào tạo sau ĐH và các lớp đào tạo ngắn hạn (trong đó học viên, sinh viên Thanh Hóa chiếm khoảng 50%). Quy mô đào tạo của Phân hiệu đã đạt 75% số ngành đào tạo của Trường ĐH Y Hà Nội. Đặc biệt, từ năm 2016 đến nay, đã có trên 1.000 lượt cán bộ, giảng viên ĐH Y Hà Nội tham gia giảng dạy tại Phân hiệu.
Để Phân hiệu sớm đi vào hoạt động, tỉnh Thanh Hóa đã quan tâm đầu tư cơ sở vật chất, nguồn lực tài chính… Hiện tại, đã cơ bản hoàn thành đầu tư giai đoạn 1, giai đoạn 2. Cùng với đầu tư cơ sở vật chất, ngày 8-12-2016, HĐND tỉnh đã ban hành Nghị quyết số 44/2016/NQ-HĐND về chính sách hỗ trợ hoạt động và thu hút, đào tạo cán bộ, giảng viên cho Phân hiệu, hướng tới thành lập Trường ĐH Y Thanh Hóa. Theo đó, đối tượng hỗ trợ là cán bộ, giảng viên cơ hữu của Trường ĐH Y Hà Nội giảng dạy tại Phân hiệu; cán bộ, giảng viên kiêm nhiệm Trường ĐH Y Hà Nội, của các cơ sở y tế tuyến Trung ương được mời giảng dạy tại Phân hiệu. Giáo sư, phó giáo sư, tiến sĩ y học; thạc sĩ y học, bác sĩ nội trú tốt nghiệp tại Trường ĐH Y Hà Nội; sinh viên tốt nghiệp Trường ĐH Y Hà Nội trúng tuyển vào các khóa đào tạo bác sĩ nội trú do nhà trường tổ chức giai đoạn 2016–2025… Về nội dung hỗ trợ, hỗ trợ cho cán bộ, giảng viên; hỗ trợ kinh phí hoạt động cho Phân hiệu và hỗ trợ thu hút cán bộ, giảng viên mới về công tác lâu dài tại Thanh Hóa… Thời gian thực hiện chính sách: Thời gian hỗ trợ ổn định thu nhập cho cán bộ, giảng viên và hỗ trợ hoạt động cho Phân hiệu là 5 năm (từ 2017-2021); thời gian thực hiện chính sách hỗ trợ thu hút cán bộ, giảng viên mới cho Phân hiệu tối đa là 10 năm (từ 2016-2025). Chính sách sẽ hết hiệu lực khi thu hút đủ đội ngũ cán bộ, giảng viên theo nhu cầu cho Phân hiệu và đảm bảo cho việc thành lập Trường ĐH Y Thanh Hóa. Tổng nhu cầu kinh phí thực hiện chính sách tạm tính là 78 tỷ đồng.
Thực hiện Nghị quyết 44/2016/NQ-HĐND, từ năm 2017, Trường ĐH Y Hà Nội đã đào tạo 9 bác sĩ nội trú khóa 41 cho Phân hiệu và từ đầu tháng 1-2020 các bác sĩ nội trú đã hoàn thành khóa đào tạo về công tác tại Phân hiệu. Theo Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Hữu Tú, Phó Hiệu trưởng Trường ĐH Y Hà Nội, Giám đốc Phân hiệu: Trong 40 năm đào tạo của Trường ĐH Y Hà Nội có 1 bác sĩ nội trú chuyên ngành tim mạch về công tác tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Thanh Hóa và đã đưa chuyên ngành tim mạch của Thanh Hóa lên tầm cao mới. Đến năm 2017, là khóa đầu tiên của Trường ĐH Y Hà Nội đào tạo 9 bác sĩ nội trú cho Phân hiệu. Đây là dấu mốc, bước ngoặt quan trọng của ngành y tế Thanh Hóa, năm 2020 sẽ có thêm 20 bác sĩ nội trú và sẽ phát triển đạt 100 bác sĩ nội trú các chuyên ngành (đủ bộ khung cứng cho Phân hiệu).
Theo mục tiêu phát triển giai đoạn 2020-2025, định hướng đến năm 2030, Phân hiệu sẽ có 8 bộ môn và thành lập Bệnh viện ĐH Y Hà Nội cơ sở Phân hiệu Thanh Hóa chất lượng cao với quy mô dự kiến 300 giường bệnh… Do vậy, để tiếp tục thu hút, đào tạo cán bộ, giảng viên cho Phân hiệu, nâng cao chất lượng đào tạo, ngày 12-12-2019, HĐND tỉnh đã thông qua Nghị quyết số 238/2019/NQ-HĐND về việc sửa đổi một số nội dung Nghị quyết số 44/2016/NQ-HĐND ngày 8-12-2016 của HĐND tỉnh về chính sách hỗ trợ hoạt động và thu hút, đào tạo cán bộ, giảng viên cho Phân hiệu, hướng tới thành lập Trường ĐH Y Thanh Hóa. Theo đó, những nội dung được sửa đổi: Giáo sư, phó giáo sư, tiến sĩ y học, thạc sĩ y học, bác sĩ nội trú tốt nghiệp tại Trường ĐH Y Hà Nội (không bao gồm cán bộ, giảng viên của Trường ĐH Y Hà Nội), cam kết phục vụ lâu dài cho Phân hiệu sau này là Trường ĐH Y Thanh Hóa và được Hội đồng tuyển chọn sẽ được nhận hỗ trợ một lần bằng tiền mặt sau khi tuyển dụng theo các mức: Người là giáo sư độ tuổi dưới 60 đối với nam, dưới 55 đối với nữ cam kết phục vụ tối thiểu 7 năm được hỗ trợ một lần bằng tiền mặt là 1,3 tỷ đồng; người là phó giáo sư độ tuổi dưới 57 đối với nam, dưới 52 đối với nữ cam kết phục vụ tối thiểu 7 năm được hỗ trợ một lần bằng tiền mặt là 800 triệu đồng… Sinh viên tốt nghiệp Trường ĐH Y Hà Nội trúng tuyển vào các khóa đào tạo bác sĩ nội trú do nhà trường tổ chức (giai đoạn 2016-2025) có nguyện vọng và cam kết phục vụ tối thiểu 10 năm tại Phân hiệu, được hỗ trợ 100% chi phí đào tạo hàng năm bao gồm học phí, sinh hoạt phí, tiền tài liệu; mức hỗ trợ tối đa 100 triệu đồng/học viên/năm. Về hỗ trợ thu hút cán bộ, giảng viên mới cho Phân hiệu giai đoạn 2016-2025, dự kiến 40 tỷ đồng (trong đó 2 giáo sư, 2 phó giáo sư; 10 tiến sĩ; 6 thạc sĩ và 102 bác sĩ nội trú).
Các nội dung khác giữ nguyên theo Nghị quyết số 44/2016/NQ-HĐND ngày 8-12-2016 của HĐND tỉnh.
